El Territorio Kawésqar se extiende en la Macrozona de Fiordos y Canales patagónicos. Desde la Península Taitao por el norte, hasta la Península Brecknock por el sur. Este extenso territorio cubre una superficie aproximada de 170.000 kilómetros cuadrados lo que representa al 22% del territorio nacional. Chile cuenta con un Sistema Nacional de Áreas Silvestres Protegidas, y las 7 unidades más grandes del país están dentro del territorio Kawésqar:

Parque Nacional Laguna San Rafael

Tiene una superficie de 1.742.000 hectáreas está ubicada en la Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del Campo. La unidad busca proteger a a variadas especies, entre las que destacan cisne de cuello negro, chucao y huet-huet; mamíferos como el huemul, güiña y chungungo. Y en cuanto a flora, las especies arbóreas más importantes son el coigüe de Magallanes, mañío macho, michay blanco y coigüe de Chiloé.

Reserva Nacional Katalalixar

Tiene una superficie de 674.500 hectáreas La unidad Katalalixar está ubicada en la comuna de Tortel, provincia de Capitán Prat, en la Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del Campo. Posee un clima de tipo marítimo templado frío lluvioso de costa occidental, con una precipitación media anual que fluctúa entre los 3.500 a 4.000 mm, y su temperatura media anual es de 7ºC. Su relieve corresponde a islas de los canales interiores insulares labrados por la acción glacial en épocas geológicas recientes, con cumbres que no superan los 1000 metros de altitud.

Parque Nacional Bernardo O'Higgins

Administrativamente corresponde a dos regiones: la comuna de Tortel en la región de Aysén y a la comuna de Natales en la Región de Magallanes. Cubre 3.525.901,2 hectáreas. La unidad Bernardo O’Higgins administrativamente corresponde a las comunas de Tortel y Puerto Natales. El parque destaca por las grandes superficies de hielo y también por los vestigios de la cultura de la etnia Kawésqar. La unidad destaca por la protección de las especies de fauna como huemul, lobos marinos de uno y dos pelos. Entre las aves están el cormorán imperial, cóndor, águila y gaviota cahuil. En cuanto a flora dominan árboles siempre verdes, como el coigüe de Magallanes, ciprés de las Güaitecas y canelo.

Parque Nacional Kawésqar

Cubre una superficie total de 2.842.329,1 hectáreas. La conservación de las eco-regiones terrestres involucradas, en particular una significativa protección de humedales y cuerpos de agua continentales, como también la protección a la fauna endémica y nativa presente, el que por su estado de conservación requiere continuar bajo protección en una categoría de preservación más estricta que la anterior reserva nacional de uso forestal "alacalufes" hasta 2018.

Reserva Nacional Kawésqar

La nueva reserva cubre una superficie marina total de 2.628.429,2 hectáreas. La recategorización de las aguas marinas a Reserva Nacional "Kawésqar", permitirá dar cumplimiento a las demandas fundamentales del pueblo Kawésqar, expresadas en el proceso de consulta indígena, esto es, la protección de sus aguas, la compatibilidad de ejercer actividades productivas en dicho espacio marítimo, y, el reconocimiento al pueblo Kawésqar, a través del cambio de nombre de las nuevas áreas protegidas.

Parque Marino y AMCP-MU Francisco Coloane

65.327 hectáreas el ACMP-MU y 1.506 hectáreas de Parque Marino. Está ubicada en la comuna de Punta Arenas, provincia de Magallanes. Es el único sitio de alimentación de la ballena jorobada (Megaptera novaeangliae) fuera de las aguas antárticas. Tanto su hábitat marino como terrestre destaca por sus atributos paisajísticos y culturales, que, junto con la existencia de múltiples ecosistemas, una gran variedad biológica, la localización de sitios de reproducción y de alimentación de vertebrados acuáticos, le otorgan un alto valor científico y turístico.

Parque Nacional Alberto de Agostini

Cubre una superficie de 1.460.00 hectáreas. La unidad Alberto de Agostini está ubicada en las comunas de Punta Arenas, comuna de Timaukel y comuna de Navarino. La unidad busca proteger a las especies de fauna como el zorro culpeo, zorro chilla, foca leopardo, delfines y ballenas. Además de 49 especies de aves, tanto terrestres como marinas pertenecientes a 29 familias como el fío-fio, carpintero gigante y zorzal. En cuanto a flora hay bosques siempre verdes de Magallanes, dominado por el coigüe de Magallanes.